clusterprofiler包,clusterProfiler包安装

蛋白ID转基因ID

1、将Ensembl 中的蛋白ID转化成基因ID，可以通过clusterProfiler这个包。

2、ID蛋白最初于1990年在鼠的红细胞系中分离获得，属螺旋-环-螺旋（helix-loop-helix，HLH）转录因子家族，因其能抑制核转录因子与DNA结合而被命名为ID蛋白。

3、欧盟委员会近些年已陆续批准27种转基因玉米、3种转基因油菜、1种转基因土豆、7种转基因大豆和1种转基因甜菜进入市场，今后还会继续批准。

4、转基因食品，就是利用生物技术，将某些生物的基因转移到其他物种中去，改造生物的遗传物质，使其在性状、营养品质、消费品质等方面向人类所需要的目标转变，以转基因生物为直接食品或为原料加工生产的食品就是转基因食品。

5、你直接在PBD主页上的pbd ID or text 里输入你的蛋白ID，也就是1SA1和1SA0，就能查到你要的蛋白质了。蛋白ID旁边有个Download Files，点击后选择你要下载的文件格式即可下载。

用clusterProfiler包进行KEGG富集分析遇到Error记录

按照标准流程对GEO上下的数据进行数据处理，差异分析，富集分析 到enrichKEGG的这一步的时候就出现了Error。

首先根据上一节的结果，按p0.05且abs（logFC）1作为筛选标准取差异表达基因。用Y叔的 clusterProfiler 包进行富集分析。加universe后报错，强制类型转换错误。

P值是在进行富集分析时利用超几何检验计算出来的结果。Q值是计算得到的P值进一步经过多重检验校正后的值。所以一般情况下Q值比P值的检验更严格。

bitr函数在哪个包

1、该函数在clusterProfiler包中函数的基本使用方法为bitr（geneID，fromType，toType，OrgDb，drop等于TRUE）。

2、距离函数：dist（x，method=”euclidean”，diag=FALSE，upper=FALSE，p=2）【备注】：1）CRAN的Cluster任务列表全面的综述了R实现的聚类方法。2）stats里提供等级聚类hclust（）和k-均值聚类kmeans（）。

3、FTP：//vfp@foxtiantang.vicp.net 在这个ftp里找到helpchm文件这个是vfp0函数命令手册包含了vfp的所有命令函数。你也可以加入VFP天堂QQ群：19039139196446922014989321709620里面的高手完全可以满足你所有的提问。

4、r语言中plot. dendrite函数属于plotMat包函数是指一段可以直接被另一段程序或代码引用的程序或代码。

5、你好，帮你谷歌了一下，其中R包‘Metrics’里有这个函数：另外在R包‘hydroGOF’里也有一个类似的计算函数nrmse的函数：。

GEO挖掘实战二、差异分析及富集分析

1、GEO挖掘实战TNBC相关探索 - 芯片数据的差异分析一般使用limma包 之前学习RNA-seq转录组学习时，对富集分析的概念与流程有过一定的了解。主要分为ORF与GESA两类，都可用clusterProfiler包完成。

2、这里使用的是broad GSEA提供的gene sets 来提供TERM2GENE：万事俱备，只欠东风。

3、一种常用的方法是使用 GEO2R 工具，它是 GEO 数据库的内置差异分析工具，可以让您在线对 GEO 数据进行差异分析。在使用 GEO2R 时，您可以在“Sample Information”页面中选择需要分析的样本。

4、有很多人解释得更清楚，比如 GO分析学习笔记 、徐洲更的 基因表达分析（中）- 富集分析 、 转录组入门（8）： 富集分析 。我并不研究模式植物，而且已有的 OrgDb 可能存在版本问题。所以 2 或 3 是待选方法。

5、富集分析（Enrichment Analysis） 是一种广泛应用于 生物信息学Q 研究的统计方法，主要用于检验一个基因集合中某些功能或特征的富集程度。富集分析的主要目的是从大量基因数据中找出有生物学意义的模式和功能。

6、生物学过程（通路）是受基因表达调控的，一条通路中富集的差异表达基因数目越多，这条通路整体的表达紊乱的可能性就越大。

GEO数据挖掘小尝试:(三)利用clusterProfiler进行富集分析

GEO挖掘实战GSVA - GEO挖掘实战TNBC相关探索 - 芯片数据的差异分析一般使用limma包 之前学习RNA-seq转录组学习时，对富集分析的概念与流程有过一定的了解。主要分为ORF与GESA两类，都可用clusterProfiler包完成。

你可以直接导入基因号和GO/KEGG编号的对应关系到R里面，然后用clusterProfiler进行数据分析” 。在如何构建的问题上，网上也有许多文章进行了介绍。构建 OrgDb 时，需要 gene_info 和 gene2go 。

最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图 柱形图 这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。

按照标准流程对GEO上下的数据进行数据处理，差异分析，富集分析 到enrichKEGG的这一步的时候就出现了Error。